La fama del convento, costruito dai Cappuccini venuti a Palermo nel 1533, è rinomata per uno strano cimitero, da sempre definito "Le Catacombe" della città di Palermo. In realtà il nome è improprio, poiché trattasi di un cimitero sotterraneo, con lunghe gallerie scavate nel tufo, per un’estensione di circa 300 mq, in uso nel XVII secolo, con circa 8.000 cadaveri imbalsamati. La macabra parata raffigura una società intera che visse dal XVII al XIX secolo. Essa destò la curiosità di diversi visitatori fra cui il celebre poeta veronese Ippolito Pindemonte, che visitò le catacombe nel giorno dei morti nel 1779 e le decantò nei versi dei "Sepolcri ", e il celebre scrittore francese Guj de Maupassant che, avendole visitate nell’anno 1885, si soffermò lungamente sul metodo dell’essiccamento.

L’origine delle catacombe si fa risalire intorno al 1599, quando i frati sfruttando una preesistente cavità naturale al di sotto dell’altare maggiore della chiesa, trasferirono le salme di 40 frati precedentemente sepolti presso il lato meridionale della chiesa. I frati iniziarono a scavare in quanto la preesistente cavità non riusciva più a contenere le salme che via via arrivavano . Essi furono posti tutti attorno alle pareti e al centro in una nicchia fu posta l’immagine della Madonna, oggi non più esistente. 

Ripresi i lavori di ampliamento nel 1601, fu scavata una seconda stanza a cui si accedeva per mezzo di una scala che si dipartiva dalla sagrestia. 

Dal 1601 al 1678 si continuò a scavare e furono costruiti il corridoio dei frati e quello degli uomini; i lavori continuarono fino al 1732 raggiungendo l’attuale dimensione: quattro corridoi a quadrato divisi su un impianto di forma rettangolare da un quinto corridoio. Questa sistemazione si deve al frate architetto Felice La Licata da Palermo nel 1823.

Attualmente l’ingresso è sul lato sinistro della facciata principale della chiesa, sistemato nel 1944; ai primi gradini di accesso il visitatore avverte subito il senso di umidità e l’odore di muffa e ai piedi della scala in penombra si scorgono gli scheletri messi in fila, ritti, addossati alle pareti, con le mani incrociate e con un'espressione tutta propria. A destra si trova la prima parte del corridoio dei frati, il più antico, socchiuso da un cancello di legno, e racchiude le salme dei primi 40 frati; e fra di essi riposa il figlio del re di Tunisi, Aiala. Imboccando il corridoio degli uomini, all’altezza con quello dei sacerdoti, all’interno di un piccolo vano, sono sistemati i bambini. Proseguendo, i corpi mummificati, quasi identici l’uno all’altro, s'identificano con dei cartelli che riportano il nome, cognome e data della morte; sono vestiti con gli abiti dell’epoca dimostrando con ciò la diversa estrazione sociale. Quasi adirato per il trattamento subito, il viso intatto ma annerito, Antonio Prestigiacomo, morto nel 1844 e mummificato con il metodo dell’arsenico, sembra scrutare i visitatori.

Il corridoio delle donne è il meno spettrale in quanto i corpi sono deposti in tavolieri orizzontali e si possono ammirare gli stili delle vesti usate tra il ‘700 e ‘800: abbondano abiti di seta con ricchi merletti cuffie dalle forme più svariate. In una cappella, detta del "Crocifisso", si trovano i corpi di quattro fanciulle con vesti chiare, coronate da fiori metallici e con rami di palma tra le mani per indicare che si tratta di donne non sposate, vergini, come si legge su uno scritto a chiare lettere che cita un versetto delle sacre scritture. Incrociando il corridoio dei professionisti, così chiamato per la numerosa presenza di medici, avvocati, pittori, ufficiali e soldati, tra i quali il pittore Velasquez, gli scultori Filippo Pennino e Lorenzo Marabitti e il chirurgo Salvatore Manzella, ci si immette in un lungo corridoio senza nicchie alle pareti, la parte più recente, che fino a qualche anno fa era pieno di casse chiuse al pubblico; le leggi civili avevano proibito, nel 1837, l’esposizione dei cadaveri fino allora praticata.

Al centro di questo corridoio si può vedere uno dei tanti colatoi disseminati lungo le gallerie: una piccola celletta scavata nel tufo accoglie dei lettini di pietra con la giacitura costituita da tubi di terracotta isolati da una porta d’ardesia.

Nella cappella di Santa Rosalia, tra due bare di cadaveri di bambine, si trova la famosa bara della piccola Rosalia Lombardo, morta il 6 Dicembre 1920 a soli due anni, trasportata ai Cappuccini per essere sepolta dopo essere stata imbalsamata per opera del dottor Solafia, con un metodo farmacologico di cui si sconosce la composizione. A causa della immatura scomparsa del medico, l'operazione non poté essere portata a termine.

Dal 1661 al 1880 furono ammesse, oltre le salme  dei religiosi, anche quelle dei civili che ne facevano richiesta; questi venivano annotati in appositi registri di cui il primo volume è andato perduto.

I frati ammettevano gli estranei di solito dietro istituzione di legati perché si provvedesse a suffragarne le anime. Solo nel 1837, adeguandosi alla pratica dei comuni cimiteri, appaiono i primi tariffari. La tassa da pagare veniva calcolata in relazione al fatto che la salma doveva essere collocata in una nicchia o in una cassa dopo il processo di mummificazione; oppure se si trattava di donna, uomo o bambino, oppure che l’inumazione del cadavere avvenisse in una sepoltura nel pavimento di cui le gallerie sono costellate.

Per quanto riguarda il metodo usato dai frati per la conservazione dei corpi si sa poco o nulla: il più comune era quello dell’essiccamento naturale mediante la sistemazione dei cadaveri nei colatoi. Dopo vari mesi in cui rimanevano chiusi ermeticamente, i cadaveri erano estratti, lavati con aceto, ed esposti per qualche giorno all’aria aperta. Quindi rivestiti e collocati nelle nicchie o nelle casse di legno. In caso di corpi di persone decedute per epidemie o per particolari malattie si usava porre i cadaveri in un bagno di arsenico e di latte di calce; quest’ultimo dava eguali risultati ma toglieva al corpo il colorito naturale.

Per assicurare staticità ai cadaveri posti nelle nicchie in posizione eretta alcuni furono avvolti in tela di sacco e imbottiti di paglia. Nel 1881 la giunta comunale di Palermo proibì l’uso di questo sistema di conservazione, ma l’essiccazione continuò per almeno altri quattro anni.

Un tempo ogni cadavere era affidato alla propria famiglia, che si dedicava alla manutenzione con spazzola, pettini, unguenti, capi nuovi di vestiario, ago e filo. Un modo sicuramente macabro, se pur velato d’affetto, di mantenere per sempre il contatto con i propri defunti.